Im Jahr 1998 wurden Derek's Pläne und vielleicht auch Träume jäh unterbrochen. Ruth erkrankte überraschend an einer nie klar diagnostizierten Krankheit. Sie wurde am 29. Dezember 1998 in Jerusalem in die Ewigkeit abberufen.
Derek brauchte etwas Zeit, sich mit der unerwarteten Trennung von Ruth abzufinden. Er hatte festgestellt, dass eine Macht in seinen Gefühlen aufstehen wollte, verbitterte Beschuldigung, die ihn von seinem Herrn distanzieren würde. Als Ruth's Sarg in die Erde gesenkt wurde, gab Derek eine entscheidende Erklärung – für alle Anwesenden hörbar – ab. Er dankte Gott für Ruth und was sie getan hatte und dafür, dass er mit allem, was geschehen war, seinen Frieden gefunden habe. Später kommentierte er: "Es war ein bedeutender Augenblick. Ich wusste, dass ich mit der Wehklage über Ruth nie vorwärtsgehen könnte. Ich würde letztlich Gott Vorwürfe machen und die Tür meines Lebens würde sich schliessen."
Die Jahre die folgten waren intensiv und fruchtbar. Zusammen mit David Selby wurde ein Konzept für die Weiterentwicklung von "Derek Prince Minstries" herausgearbeitet.
Es gab auch noch Lehrtermine und Predigteinsätze – aber dann lösten Nebenwirkungen einer Impfung (die für einen Einsatz in Benin nötig war) eine heimtückische und schmerzhafte Behinderung aus, welche Derek weitgehend an sein Zuhause in Jerusalem fesselte. Wenn er sich im Stande fühlte, nahm er dennoch gelegentlich Lehrtermine war. Und es zeigte sich dann, dass das Feuer noch brannte.
Im Frühjahr 2001 stellten Ärzte einen Tumor fest. Man eröffnete Derek, dass er nicht mehr lange zu leben hätte, wenn die Krankheit nicht gestoppt werden könne. Er vertraute sich Gott an, unterzog sich aber dennoch der von den Medizinern befohlenen Behandlung. Er wohnte in dieser Zeit in seinem Haus in Jerusalem, das er mit der Familie seines langjährigen Freundes Eliahu Ben Haim teilte. Sie waren es auch, welche sich in dieser nicht einfachen Zeit um Derek kümmmerten und um sein irdisches Wohl besorgt waren. Manchmal schien es, als würde die Krankheit besiegt, und dann begann Derek gleich Pläne zu schmieden. Doch dann kamen wieder schwerer Tage.
Derek konnte in dieser Zeit mit Hilfe eines Textverarbeitungsprogrammes, das er zu meistern gelernt hatte, noch eine erstaunliche Menge für die Verbreitung in Buchform niederschreiben. Bis zuletzt blieb sein Geist feurig und seine Sinne scharf.
Wenn der Mullah auf dem Minarett der nahen Moschee den "Salat", den muslimischen Gebetsruf, erschallen liess, dann trat Derek jeweils ans Fenster und rief dem Bibelstellen entgegen.
Schließlich, am 24. September 2003, erwachte Derek am Morgen nicht mehr aus dem Schlaf. Er wurde in Jerusalem der Stadt und dem Land die er sein Leben lang geliebt hatte, heimgeholt.
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